Tıbbi uygulamaların hepsinde olduğu gibi ortodonti tedavisinin de bazı riskleri ve olası yan etkileri bulunmaktadır. Bu etkilerin çoğunluğu ağız bakımı iyi yapılmadığından dolayı ortaya çıkmaktadır. Ortodonti tedavisi gören hastalarımız normalden 2 kat daha fazla dişlerine özen göstermelidirler.

Çürük ve dişeti hastalıkları : Ağız bakımı iyi olmayan hastada ortodontik tedaviye başlanmamalıdır. Diş çürükleri varken başlanılan bir tedavi o dişi kaybetmeye neden olabilir.
Dişin zarar görmesi : Eğer dişler tedavi boyunca çok iyi fırçalanmazsa diş üzerinde kalıcı lekeler bırakmaktadır.
Ağız dokularının yaralanması : Ortodontik apareyler, ağıza uyum sağlayana kadar yanaklarınızda ve dudaklarınızda ufak yaralanmalara neden olabilir.
Kök erimesi : Çok nadir bir durumdur. Fakat meydana gelebilir.
Tedavi esnasında büyüme : Tedavi esnasında büyüme, tedaviye olumlu etki edebileceği gibi, istenmeyen etkiler de gösterebilir.
Çene eklem problemi : Çene eklemlerindeki düzensizlik bazen ortodonti tedavisi esnasında sorunlara yol açabiliyor. Dişlerin kapanış açıları vs.